Усть-Вымский мужской монастырь возник около 1384 года в Усть-Выми на месте уничтоженной св. Стефаном Пермским языческой кумирни. Первый в землях коми православный монастырь. При монастыре была открыта школа, готовившая церковные кадры из местных жителей. Обучение велось на пермском языке, для письма использовали др. пермскую азбуку, составленную св. Стефаном Пермским в 1372-1375 годах. Обучали в школе богословию, риторике, церковному пению, церковно-славянскому языку, основам иконописания и храмостроительства. При монастыре имелись своя иконописная мастерская, небольшая богословская библиотека, а монахи насельники занимались переписыванием переведенных св. Стефаном на пермский язык богослужебных книг.

После перевода центра Пермской епархии из Усть-Выми в Вологду (1564) монастырь пришел в запустение. Возрождение монастырской жизни в Усть-Выми связано с именем первого летописца Коми края монаха Мисаила. В конце 16 века он возрождает Михаило-Архангельский монастырь в качестве небольшой пустыни. В 1764 году выходит указ императрицы Екатерины II о закрытии мелкопоместных монастырей и пустынь. После этого указа монастырская жизнь в Усть-Выми прервалась.

Новое возрождение монастыря происходит с восстановлением в Коми крае собственной епархии. По благословению Святейшего Синода Русской Православной церкви от 21 марта 1996 года начинаются строительные работы на отведенном монастырю месте в Заручейной части села Усть-Вымь, там, где когда-то находились монашеские кельи. В ведение монастыря переходят и сохранившиеся в Усть-Выми храмовые строения: каменные церкви св. Стефана Пермского (1766) и Архангела Михаила (1795), а также деревянная часовня Введения во Храм Пресвятой Богородицы (1882), перенесенная в Усть-Вымь из деревни Камсамас Усть-Вымского района в 1985 году.

На территории монастыря к настоящему времени построены житийный корпус, церковь во имя иконы Иверской Божией Матери, административный корпус, баня, мастерская. Все постройки деревянные.